Empty21, vk_main.js:
функция VkOptMainInit запускается один раз после обновления страницы
функция vkOnNewLocation запускается каждый раз при переходе на новую страницу (в том числе при ajax-подгрузке новых страниц)
а вообще.. лучше сделай свой js файлик как плагин к вкопту, или в один из файлов вкопта в конец добавить код "плагина". вот hello word реагирующий на переходы между страницами:
http://pastebin.com/raw.php?i=aZApDuZe